De acordo com a regra prevista no Convênio 93/15 a base de cálculo para se chegar ao valor do diferencial deve ser única, ou seja, a mesma base servirá para cálculo do imposto próprio da operação interestadual e também para o cálculo do imposto devido para o estado de destino.
Desse modo ao definir o valor da mercadoria deve-se considerar o imposto todo que deverá ser pago na operação, por exemplo:
ICMS INTERESTADUAL = 12%
DIFERENÇA DE ALÍQUOTA = 6%
FUNDO DE POBREZA = 2%
Carga tributária total neste exemplo = 20%
Então dentro do preço deve considerar um ICMS de 20% para esta venda. Além disso os outros impostos devem ser considerados também como pis, cofins, etc.